La basílica de Santa Eufemia fue fundada probablemente en torno a 472 por el obispo San senador (que conservará sus restos en la iglesia), que, como sacerdote en el séquito del obispo Sant’Abbondio , participó con anterioridad al Concilio de Calcedonia y no trajo de vuelta a Milán una reliquia del santo a quien está dedicada la iglesia.

A continuación, la iglesia fue reconstruida en el siglo XV y reconstruido en los siglos siguientes, gracias a la intervención de los clientes importantes.  Aquí, en 1564 fue nombrado Federigo Borromeo , sobrino de San Carlos y el futuro arzobispo de Milán.

En 1870 el arquitecto Enrico Terzaghi creó el presente alta sala central eliminando tres bahías.  Por razones estructurales de la iglesia también se alargó por un lapso y luego reconstruyó la fachada.

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