La iglesia fue construida a mediados del siglo XVII por iniciativa de la Congregación de San Benon. En el año 1751, con el arribo a Varsovia de San Clemente María Hofbauer, el claustro y la iglesia pasaron a manos de los redentoristas.
San Clemente creó orfanatos para niños que luego se transformaron en las primeras escuelas taller de esta parte de Europa. A partir del año 1808 la actividad de los redentoristas de San Benon fue suspendida, y el templo fue sucesivamente una iglesia ortodoxa, una escuela, un almacén del ejército, una casa de vivienda y una fábrica de cuchillos. En el año 1938 el edificio de la iglesia fue comprado por Maria Biernacka, quien lo traspasó a la Curia de Varsovia. Totalmente destruido tras el Alzamiento de Varsovia, en 1946 fue transferido a los redentoristas.
La iglesia fue reconstruida según los antiguos planos y fue bendecida por el Cardenal Stefan Wyszyński en el año 1958; con posterioridad al año 1977 la iglesia adquirió un nuevo decorado.

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