Los frailes dominicos llegaron aquí desde Cracovia a principios del siglo XVII. En 1603 comenzaron a construir una capilla de madera y las edificaciones provisionales del monasterio. La construcción de la iglesia barroca demoró hasta el año 1639; por su parte, la construcción del monasterio se terminó en el año 1650. En el año 1864 cuando el Zar, como parte de la represión tras el levantamiento en armas, suprimió la orden, la iglesia pasó a manos de los sacerdotes de la diócesis. Algunos años después el monasterio pasó a ser la sede de un orfanato para chicos y una escuela internado para sus egresados.
Durante el Levantamiento de Varsovia, en el año 1944, la iglesia (en la que se encontraba un hospital de los insurgentes), lo mismo que el monasterio, fue bombardeada y bajo sus escombros murieron cientos de heridos.
En el año 1947 los frailes dominicos regresaron al templo. Se comenzó su reconstrucción, que duró hasta el año 1959.
Reconstruida tras finalizar la guerra, la iglesia no recuperó muchos de los objetos que recordaban su antiguo esplendor; pero, sin embargo, es ésta una de las más importantes y más hermosas iglesias en Varsovia.
El monumento antiguo que sobrevivió los desastres de la guerra más valioso de la iglesia es la capilla barroca de los Kotovski, de a finales del siglo XVII. Los sarcófagos de los esposos Kotovski, el increíblemente rico fundador, que nació como el siervo Adam Kot y gracias a su inteligencia y a sus logros murió como Adam Kotowski, mayordomo del rey Juan III Sobieski, y el de su esposa Małgorzata, se encuentran en una cripta subterránea. La capilla es obra de Tylman van Gameren.

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