La iglesia evangélica de Santa María se creó en 1250 tras la ampliación medieval de Berlín, como parroquia de la nueva parte de la ciudad.
Es una de las construcciones más significativas de la historia primera de la ciudad, junto con la reconstruida Iglesia de San Nicolás, las ruinas de la iglesia del convento de los franciscanos y la capilla del Hospital del Espíritu Santo. Es el único de esos edificios que sigue teniendo un uso religioso.

La iglesia gótica de tres naves sufrió una gran transformación durante el Barroco, cuando Andreas Schlüter añadió un púlpito, dotando a la edificio de un carácter de sala de predicaciones. El simbolismo gótico cedió espacio a la funcionalidad. Sin embargo, entre 1893 y 1894, Hermann Blankenstein volvió a dotar a la iglesia de elementos góticos, que configuran su aspecto actual, como la fachada sur, la tribuna el órgano y el suelo.

La parroquia evangélica de Santa María posee una gran tradición. Desde la Edad Media, el preboste de Berlín era al mismo tiempo párroco de San Nicolás y párroco primero de Santa María. Tras la secularización de la Iglesia de San Nicolás en 1938, la Iglesia de Santa María se convirtió también en su residencia oficial. Siguiendo con esta tradición, después de la Segunda Guerra Mundial, la Iglesia de Santa María se convirtió en iglesia del obispo de la iglesia evangélica de Berlín-Brandemburgo, y lo sigue siendo.

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